Lorsque la souche Omicron du SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID, se propageait dans le monde en février 2022, un homme infecté par la variante a été hospitalisé au centre médical de l’université d’Amsterdam. Il avait 72 ans et souffrait d’un syndrome myélodysplasique et myéloprolifératif superposé, une combinaison de troubles qui affectent la bonne production de cellules sanguines, et d’un lymphome. Au cours des 612 jours suivants, au cours desquels il est entré et sorti de l’hôpital, l’homme a continué à être testé positif au COVID. Son cas est la plus longue infection consécutive au COVID documentée, selon un récent rapport de chercheurs de l’Université d’Amsterdam.
Le rapport détaille l’évolution des symptômes et du parcours thérapeutique de l’homme, ainsi que la manière dont la variante Omicron a développé plus de 50 nouvelles mutations pendant plus de 20 mois d’infection. Le rapport, qui n’a pas encore été publié dans une revue scientifique, a été présenté le dernier week-end d’avril au congrès mondial de la Société européenne de microbiologie clinique et de maladies infectieuses à Barcelone.
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“Les infections chroniques et l’évolution virale sont couramment décrites dans la littérature, et il existe d’autres cas de patients immunodéprimés qui ont eu des infections au COVID pendant des centaines de jours”, explique Magda Vergouwe, doctorante au Centre de médecine expérimentale et moléculaire de l’université et auteur principal du rapport. « Mais il s’agit d’un cas unique en raison de la durée extrême de l’infection… et comme le virus est resté si longtemps dans son corps, il était possible que des mutations se développent continuellement. »
L’homme, qui est malheureusement décédé plus tard en raison de complications liées à son état de santé sous-jacent – et non au COVID en particulier – a été admis pour la première fois à l’hôpital lorsqu’il a commencé à ressentir des symptômes respiratoires du COVID, notamment de la toux, une respiration courte et des niveaux d’oxygène dans le sang dangereusement bas. Il avait déjà reçu trois injections du vaccin Moderna à ARNm COVID, mais son corps ne contenait aucun anticorps détectable. Cela est probablement dû aux médicaments suppresseurs du système immunitaire qu’il prenait pour traiter le lymphome et la maladie du sang, explique Vergouwe. L’un des médicaments qu’il prenait, le rituximab, cible les cellules B anormales qui causent le cancer, mais en cours d’action, il peut également détruire leurs homologues sains, responsables de la création d’anticorps contre les infections.
Les médecins ont prescrit à l’homme plusieurs schémas thérapeutiques contre le COVID, dont le sotrovimab, un anticorps monoclonal approuvé par l’Agence européenne des médicaments (EMA). L’homme n’a présenté aucune réponse clinique mesurable à aucun des traitements et ne pouvait interrompre en toute sécurité aucun des autres médicaments qui auraient pu altérer leur efficacité.
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Cependant, après environ un mois, les premiers symptômes du COVID se sont atténués spontanément et l’homme est sorti de l’hôpital, entrant d’abord dans un centre de réadaptation et retournant finalement à son domicile pour s’isoler. Mais il a continué à être testé positif au COVID tout au long des 20 mois et a parfois développé de nouvelles infections, telles qu’une pneumonie bactérienne, qui ont probablement été compliquées par le COVID et ont nécessité des hospitalisations supplémentaires.
« Il est important de noter qu’il n’est finalement pas mort du COVID-19 », déclare Vergouwe. “Mais il l’a gardé avec lui pendant très longtemps jusque-là, et c’est pourquoi nous avons veillé à échantillonner autant que possible le virus dans son corps.”
Les chercheurs ont analysé 27 échantillons sur écouvillon nasal prélevés entre février 2022 et septembre 2023 et ont détecté plus de 50 nouvelles mutations de la souche originale Omicron qui a infecté les humains. Vergouwe affirme que même si ce chiffre peut paraître choquant, des mutations dans le génome du SRAS-CoV-2 devraient apparaître plus rapidement chez les personnes immunodéprimées (le taux de mutation moyen du virus est estimé à deux mutations par mois et par personne). Ce qui rend ces mutations inhabituelles, note-t-elle, c’est que leurs caractéristiques diffèrent nettement des mutations observées chez d’autres personnes atteintes du COVID. L’auteur émet l’hypothèse que la durée exceptionnelle de l’infection chez cet individu et ses conditions préexistantes ont permis au virus d’évoluer de manière extensive et unique.
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Mais il est peu probable que les 50 nouvelles mutations apparues dans ce cas se propagent dans le monde entier, explique David Wohl, professeur de médecine à la division des maladies infectieuses de l’Université de Caroline du Nord à Chapel Hill, qui n’a pas participé à la recherche. La mutation virale est courante ; un virus qui se réplique dans le corps humain le fait rarement parfaitement, et ces versions légèrement différentes sont considérées comme des mutants. Parfois, les changements intervenus dans le virus ne sont pas bénéfiques à sa survie et ne se perpétuent pas. D’autres fois, la nouvelle fonctionnalité d’un mutant est avantageuse pour le virus et peut l’aider à vaincre la réponse immunitaire d’une personne infectée. Le mutant devient une menace plus grande et peut se transformer en une variante préoccupante s’il parvient à passer d’un hôte à un autre, acquérant de nouvelles caractéristiques et défenses contre les anticorps.
Dans ce cas, les mutants viraux ne présentaient pas de caractéristiques augmentant la transmission et il n’est pas prouvé qu’ils aient infecté d’autres personnes. Pour que les mutations se propagent avec succès et deviennent aussi insidieuses que les variantes Omicron et Delta du SRAS-CoV-2, une « tempête parfaite d’événements négatifs » doit se produire, dit Wohl.
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Les infections prolongées par le SRAS-CoV-2 chez les personnes immunodéprimées ne sont pas particulièrement rares, explique Vergouwe, et les experts continuent d’étudier ces cas pour suivre l’évolution des mutations et mieux comprendre les réponses immunitaires des personnes.
Les meilleures façons dont les personnes à tous les niveaux de risque de COVID grave peuvent se protéger restent à jour en matière de vaccins et portent des masques de haute qualité dans les zones très fréquentées. « De nouveaux variants peuvent potentiellement émerger chez des personnes immunodéprimées », conclut Wohl. “Mais des variantes apparaissent également chez d’autres personnes qui ne sont pas immunodéprimées, car elles se transmettent le virus. Cela fait partie de la nature de la pandémie et de la manière dont les virus existent naturellement et, malheureusement, évoluent.”
(L’original de cet article a été publié dans “Scientific American”. Traduction et édition par Le Scienze. Reproduction autorisée, tous droits réservés.)
