Lutter contre les futures pandémies grâce à l’analyse des données sur les génomes des virus recombinants. Une étude publiée dans la revue Nature Communications présente les résultats prometteurs de RecombinHunt, une nouvelle méthode basée sur les données développé par le Département d’électronique, d’information et de bio-ingénierie de École Polytechnique de Milan et deUniversité de Milancapable de reconnaître, avec une grande précision et efficacité informatique, les génomes recombinants du SRAS-CoV-2 avec un ou deux points d’arrêt.
La recombinaison, la composition de deux ou plusieurs génomes viraux pour former un nouveau génome, est un mécanisme moléculaire efficace pour l’évolution et l’adaptation des virus.
Poussés par la pandémie de COVID-19, plusieurs méthodes ont été proposées pour détecter les génomes recombinants du virus SARS-CoV-2 ; cependant, jusqu’à présent, personne n’a été en mesure de confirmer fidèlement les analyses manuelles des experts du secteur.
ReconbinHunt présente une spécificité et une sensibilité élevées, est plus efficace que toutes les autres méthodes déjà développées et confirme fidèlement les analyses manuelles des experts.
La méthode, développée dans le cadre du projet PRIN PNRR 2022, SENSIBLE (Système d’alerte précoce à base de petites données pour les agents pathogènes viraux dans le domaine de la santé publique), aussi identifie également les génomes viraux recombinants de la récente épidémie de variole du singe avec une forte concordance avec les analyses effectuées manuellement par les experts, ce qui suggère que l’approche est robuste et peut être appliquée à n’importe quel virus épidémique ou pandémique, constituant un outil important pour lutter contre les futures pandémies.
Le professeur Stefano Ceri Note que “la recherche a été possible grâce à l’extraordinaire contribution des laboratoires du monde entier, qui ont mis plus de 15 millions de séquences virales à la disposition de la communauté internationale.» Le docteur Anne Bernasconiresponsable du projet SENSIBLE, observe : « JeNotre objectif est de construire des outils d’alerte pour anticiper et combattre les nouvelles épidémies et pandémies virales.“.
“L’étude démontre comment le développement de méthodes informatiques innovantes et efficaces nous permet d’apprécier plus précisément et plus rigoureusement l’évolution des agents pathogènes et leurs implications pour la santé humaine.“, il ajoute Matteo Chiaraprofesseur de biologie moléculaire à l’Université d’État de Milan et co-responsable du projet SENSIBLE.
Il a contribué à l’étude Tommaso Alfonsiqui a récemment obtenu un doctorat « cum laude » en ingénierie de l’information, présentant cette recherche ainsi que d’autres.
Le lien vers l’étude publiée dans Nature Communications.
