Analyser un groupe de 388 gènes, sur 3 000 nouveau-nés des Pouilles, à la recherche d’altérations capables de provoquer environ 500 pathologies rares. Avec un objectif ambitieux : vaincre les maladies rares, en les diagnostiquant dès la phase asymptomatique, c’est-à-dire avant que les symptômes ne se développent, et en identifiant un plan thérapeutique ciblé et personnalisé pour éviter leurs effets, améliorant ainsi le pronostic et l’issue de la maladie elle-même.
C’est ce que prévoit le Puglia Genome Project, un programme innovant de dépistage génétique néonatal étendu établi par la loi régionale n° 3 du 30 mars 2023 pour « améliorer et étendre l’activité de diagnostic précoce grâce au séquençage de l’exome (la partie codante du génome) et toujours maintenir le système de santé des Pouilles aligné sur les progrès scientifiques, technologiques et réglementaires »dans le domaine de la génomique. À la base, il existe une double preuve : 72 % des maladies rares (environ 7 à 8 000, touchant deux millions de personnes en Italie) sont d’origine génétique et jusqu’à 88 % ont une apparition pédiatrique. D’où le rôle très important des tests génétiques dans le diagnostic et le traitement, en tirant le meilleur parti du potentiel offert par les méthodologies New Generation Sequencing-NGS (Next Generation Sequencing) les plus avancées mises en œuvre par ASL Bari.
La phase opérationnelle du projet expérimental a officiellement débuté aujourd’hui, avec l’arrivée du premier groupe d’échantillons sanguins, prélevés sur les nouveau-nés présents dans les unités de soins intensifs néonatals des Pouilles, au laboratoire de génétique médicale de l’hôpital « Di Venere » de Bari, le pôle d’excellence identifié comme centre de référence pour l’ensemble du programme de recherche.
Pour accueillir le précieux « cargo » Dr. Mattia Gentile, directeur du Laboratoire de Génétique Médicale, le Président de la Région des Pouilles et le directeur général par intérim de l’ASL Bari, Luigi Fruscio, accompagnés de l’équipe de 18 professionnels comprenant des médecins, des biologistes, des infirmières et des techniciens de laboratoire, témoignent de la pertinence de un projet de recherche qui place les Pouilles à l’avant-garde en Italie, dans l’Union européenne et dans le monde, étant la seule étude pilote publique italienne parmi les 18 actuellement actives dans divers pays, dont les États-Unis, l’Australie, la Chine, l’Angleterre, la France, Allemagne et Corée du Sud.
Le Président de la Région des Pouilles a déclaré que le projet de recherche ASL Bari est le résultat d’un investissement en machines et en personnel pour permettre la résolution de problèmes qui sont souvent considérés comme insolubles jusqu’après l’apparition de la maladie, alors qu’aujourd’hui le diagnostic ne commence pas dès les symptômes, mais d’un dépistage génétique dans les premiers jours de la vie. Selon le Président de la Région, il devient concrètement possible que des maladies rares dévastatrices et invalidantes, en plus d’être très coûteuses dans leur prise en charge, soient traitées immédiatement avec une espérance de vie presque normale, ce qui rend souhaitable d’étendre ce modèle innovant au l’ensemble du système de santé national, afin que tous les enfants puissent avoir les mêmes chances de guérison.
«L’ASL Bari – a souligné le directeur général Luigi Fruscio – avec ce projet de profilage génomique réalise un saut technologique notable, grâce aux nombreuses machines et ressources utilisées, qui nous permet de prendre en charge 3 mille enfants des Pouilles avec le simple échantillonnage d’un goutte de sang et d’analyser des centaines de gènes permettant de diagnostiquer précocement environ 500 maladies rares, plaçant ainsi les Pouilles au centre de l’innovation nationale et internationale dans le domaine de l’analyse génétique. Diagnostiquer une pathologie rare deux mois à l’avance, c’est la traiter plus tôt et avec une meilleure efficacité, mais aussi assurer une rationalisation des dépenses du système public. »
Parallèlement, le projet Di Venere fait partie intégrante d’une expérience (financée par les fonds du PNRR) qui implique d’autres centres de recherche spécialisés en Émilie-Romagne et en Lombardie, dans le but d’étendre le dépistage génétique néonatal au niveau national, en se concentrant sur la progrès des méthodologies de séquençage génétique, d’une part pour élargir les panels génétiques analysés, d’autre part pour offrir un conseil génétique aux parents à l’aide d’une plateforme de télémédecine et créer le premier exemple de biobanque génétique en Italie.
« Aujourd’hui, nous commençons enfin, il y a un peu d’émotion – a déclaré Mattia Gentile, directeur de Génétique Médicale chez Di Venere – ce projet est ambitieux, c’est un défi : à partir d’une goutte de sang, nous pourrons obtenir d’excellents résultats à un niveau génétique. Le premier objectif est de comprendre si ce nouveau système fonctionnera étant donné que nous le validons pour la première fois, et si les résultats des analyses sont fiables. Le deuxième objectif est de comprendre son utilité pour nos nouveau-nés et nos familles, en termes d’espérance de vie et de qualité de vie. Je dois remercier la direction générale de l’ASL et la direction médicale pour leur soutien et leur sensibilité sur le sujet.”
Comment fonctionne Genome Puglia
Le Laboratoire de Génétique Médicale est le pivot du projet, avec pour mission d’étudier le profil génétique de 1 500 enfants chaque année (pendant deux ans), à travers l’extraction et l’analyse de l’ADN d’un petit échantillon de sang. Les services de néonatalogie et d’USIN de l’hôpital Di Venere et de la polyclinique de Bari, l’institution ecclésiastique Miulli d’Acquaviva delle Fonti et les hôpitaux Perrino de Brindisi, Vito Fazzi de Lecce et SS Annunziata de Tarente sont impliqués dans les activités. Le projet, qui vise à développer et valider un système de dépistage génomique néonatal étendu, entend donc soumettre les nouveau-nés à un dépistage génomique à l’aide d’un panel génétique comprenant les gènes responsables des maladies rares actuellement incluses dans le dépistage néonatal étendu (notamment les maladies métaboliques, les maladies congénitales). , etc.), avec l’ajout d’autres gènes connus liés à des maladies actuellement pertinentes pour la disponibilité de nouvelles thérapies et interventions.
L’ensemble du processus – entièrement gratuit pour les familles et respectueux des règles de confidentialité – comporte plusieurs phases : acceptation du patient (sous forme anonymisée grâce à un code-barres) par le Service d’Analyse Génomique Avancée du Laboratoire de Génétique Médicale, pour lequel la biologiste Paola Orsini est responsable; Analyse Ngs (lignes d’extraction automatisées d’ADN, préparation de bibliothèques génétiques et séquençage nouvelle génération à haut débit) et analyse bioinformatique ; identification de la variante pathogène ; collaboration étroite entre le Laboratoire de Génétique Médicale UOC et les unités de Néonatalogie et de Soins Intensifs Néonatals pour le conseil génétique, l’optimisation thérapeutique et la surveillance clinico-instrumentale ; soins pris en charge dans les Centres de Référence pour les Maladies Rares et, pour la famille à risque reproductif et avec tout diagnostic prénatal, l’intervention du Département de Gestion des Risques Reproductifs de l’ASL de Bari (dirigé par le Dr Paolo Volpe) est prévue.
Inscription des patients
Tous les nouveau-nés sont inscrits sur une base volontaire seulement après autorisation pour l’étude par consentement éclairé spécifique des parents, administré à l’USIN concernée. Le test de dépistage génétique est un test absolument non invasif, une goutte de sang prélevée sur le talon du nouveau-né, dans le cas du Genoma Puglia facilitée par le fait que les cartes arrivent déjà au Laboratoire de Génétique Médicale de l’ASL Bari pour le Dépistage SMA assuré pour toutes les naissances dans les maisons de naissance de la Région.
Extraction bioinformatique et analyse des données NGS
La procédure d’analyse implique le prélèvement d’échantillons néonatals à partir de gouttes de sang (Dried Blood Spot DBS) à l’aide d’un punch et l’utilisation d’un système dédié à l’extraction automatisée d’ADN d’une qualité adaptée au séquençage NGS à partir de plusieurs DBS. Un personnel spécialisé procède à la préparation des bibliothèques génomiques des échantillons et au séquençage sur des équipements à haut débit. Ces technologies permettent de séquencer de nombreux cas simultanément et dans un délai court. Les variantes identifiées sont ensuite annotées grâce à l’utilisation d’un logiciel spécifique. Toutes les phases d’analyse bioinformatique sont automatisées, permettant ainsi une gestion plus rapide des résultats obtenus.
Les coûts du projet
Pour l’acquisition d’équipements et de matériels, pour un investissement d’environ 1 million d’euros, la Direction Administrative de l’Hôpital Di Venere (Dr Giuseppe Volpe) a procédé à l’attribution par appel d’offres de la fourniture en service sur une base annuelle, y compris l’échantillon service de collecte, de traçabilité et de collecte, systèmes matériels et logiciels d’acceptation d’échantillons, instruments dédiés, kits de réactifs pour l’extraction d’ADN et l’analyse NGS.
Gestion des échantillons positifs
En cas de mise en évidence d’une altération du test de dépistage néonatal, des tests diagnostiques complémentaires sont réalisés pour valider le diagnostic de la maladie. En effet, si la famille a donné son consentement spécifique, la confirmation s’effectue par un trio de prises de sang (nouveau-né plus parents) et un conseil génétique. Poser un diagnostic correct permet diverses possibilités : optimiser la prise en charge des patients tant en termes thérapeutiques (choix du médicament/traitement le plus approprié) qu’en termes de surveillance clinico-instrumentale (mise en œuvre de protocoles optimisant le rapport coût/bénéfice) ; définir le pronostic et donc indiquer à la famille et aux soignants le potentiel et les limites de l’intervention ; définir le risque reproductif et donc la récidive possible de la maladie au sein du couple/famille afin de mettre en œuvre les meilleures et les plus précoces stratégies de diagnostic.
Prendre en charge le patient
Sur la base de l’état pathogène identifié, la connexion est établie avec les Centres identifiés par la Région des Pouilles et COREMAR pour la gestion des soins (https://www.sanita.puglia.it/web/rete-delle-malattie-rare). Lorsqu’il n’existe pas de centres régionaux identifiés, le recours à des centres extra-régionaux est envisagé à travers les bureaux des maladies rares présents dans les différentes autorités sanitaires locales de la région des Pouilles.
Le rôle fondamental de la Région des Pouilles
La Région des Pouilles a toujours développé une politique très attentive au dépistage néonatal, avec l’introduction du dépistage néonatal étendu (ENS) dès 2017 et, ces dernières années, avec l’approbation de certaines lois régionales qui ont permis l’introduction du dépistage obligatoire. pour l’Atrophie Musculaire Spinale-SMA (Loi Régionale n° 4 de 2021 – Dépistage commencé le 6 décembre 2021) et, plus récemment, avec la Loi Régionale n° 17 de 2022, le dépistage néonatal obligatoire des immunodéficiences congénitales sévères, de certaines maladies génétiques neuromusculaires et lysosomales. maladies de stockage (dépistage néonatal super étendu). La région des Pouilles, pour l’essentiel, occupe une position de record national absolu en termes de dépistage néonatal, avec un total de 59 maladies incluses dans le panel de diagnostic obligatoire.
